Il Consorzio di Bonifica Adige Euganeo è stato costituito con deliberazione della Giunta regionale del Veneto il 19 maggio 2009, in seguito all’approvazione della Legge regionale 8 maggio 2009 n. 12 “Nuove Norme per la Bonifica e la Tutela del Territorio”. Il nuovo ente deriva dall’accorpamento degli originari comprensori dei Consorzi di Bonifica Adige Bacchiglione ed Euganeo, nati per effetto della Legge Regionale 13 gennaio 1976 n. 3. 
I suddetti consorzi erano a loro volta il risultato delle fusioni di numerosi altri consorzi di bonifica avvenute in tempi e modalità molto diverse. Ad esempio, il Consorzio di Bonifica “Euganeo” incorporò interamente i Consorzi “Euganeo-Berico” e “Vampadore” e in parte quelli di “Liona-Frassenella”, “Ottoville” e “Ronego”. Il Consorzio di Bonifica “Adige Bacchiglione” proveniva invece dal raggruppamento degli ex Consorzi elementari “Monforesto”, “Bacchiglione Fossa Paltana”, “Retratto di Monselice” e “Paludi Catajo e Savellon di Bagnarolo”, oltre a un territorio nella parte sud-orientale dei Colli Euganei.
In tempi remoti, il territorio presentava una configurazione idrogeologica profondamente diversa da quella attuale, caratterizzata da numerose aree paludose, acquitrini e corsi d’acqua privi di arginature, il cui letto veniva spesso deviato forzatamente dall’intervento umano. La storia della trasformazione idrografica, ambientale e paesaggistica è molto complessa, con un’azione combinata di privati e dello Stato, influenzata da scelte tecniche e disponibilità di capitali, che hanno spesso determinato conseguenze significative per l’equilibrio idrogeologico dell’area.